感染任务是星系感染玩法的核心环节，玩家需要通过星图界面右下角的感染星系分布功能定位当前处于感染状态的星系。感染星系会随时间自动提升感染度，当达到100%时会在星系内刷新大量感染任务，玩家只需跃迁至该星系即可接取。需感染任务仅在被病毒完全侵蚀的星系中触发，其他星系无法接取此类任务。
感染任务的接取方式与普通星系任务类似，但难度和奖励更高。玩家需打开星系星图并点击刷新感染任务按钮，每次刷新可获取3个任务，任务探针每12小时恢复1根，最多积累4根。建议优先选择感染程度较高的星系，这类区域任务密度更大且决战触发更快。任务类型包括筛查人员、控制主脑及回收舰船等，均要求使用特定舰船完成战斗目标。
完成感染任务会小幅降低星系感染度，当感染度归零时将触发决战阶段。智能病毒核心仓库坐标会在星图中显示，所有玩家均可参与围攻。仓库本身无攻击能力但护盾和装甲值极高，需多人协作集火破坏。攻击过程中被击毁的仓库区域会抛洒货柜，内含高价值物品，但拾取时舰船无法移动，建议组队分工执行。
任务准备阶段建议配备护盾回充器、能量回充器等生存装备，巡洋舰及以上舰船可考虑中型武器保证输出稳定性。渗透者级舰船凭借隐形特性适合侦查和物资回收，但需注意主动使用装置会解除隐形状态。决战前可通过完成5次日常任务积累资源，组队时建议配置治疗、输出和防御职能的舰船组合以提高容错率。
