首先得完成前置任务神樱大祓的荒海部分。来到荒海大祓旁边，会看到一个雷立方机关，需要让五个雷立方的花瓣面朝向同一个方向。解开这个机关后，水位会下降，跳下洞口游向前方，就能找到传送锚点并解锁。继续前进，恒常机关阵列附近的空气墙会消失，这时候就能顺利进入副本区域了。
会遇到两个一笔画机关，需要按照特定顺序踩亮地板。第一个机关建议先走外圈再走内圈，发光的格子要最后踩。完成第一个机关后，右手边会出现第二个机关，同样按照顺序走完就能触发千门虚舟副本的开启。这时候秘境大门会拔地而起，旁边还会出现一个珍贵宝箱，别忘了顺手拿走。
副本内部结构并不复杂，但需要收集三块勾玉才能解锁最终挑战。进入秘境后跳下洞，左右两侧都有门，推荐先走左边拿到第一块勾玉。回到大厅推开右边的门直走，能找到下一个宝箱和第二块勾玉，它藏在屏风后面。原路返回时会经过一个未探索的房间，推开门触碰木板下的第三个勾玉，集齐后回到最初的大门解锁BOSS战。最终挑战是两个魔物，建议带上合适的角色应对。战斗结束后就能拿到副本奖励，包括原石和雷之印。
