植入体是第二银河中提升指挥官能力的重要系统，每个角色拥有8个植入体接口，分为顶叶区、颞叶区、额叶区和枕叶区四个区域，每个区域包含2个接口。植入体只能安装在对应区域的接口中，玩家可以随时更换或拆卸已安装的植入体，这些操作不会导致植入体损毁。该系统可理解为舰船装配的延伸，允许玩家针对不同舰船配置或作战环境定制最多3套植入体方案，并快速切换。
原厂植入体是游戏中最基础的植入体类型，由克劳利、科尔森、卡巴拉和紫荆公司生产，通过玩法奖励或商店直接产出。这类植入体具有随机性较大的基础属性加成条目，常包含多条互不相关的系统加成，难以实现精准搭配。由于品质普遍停留在T1科技等级，原厂植入体更多作为植入体开发的原材料使用。非原厂植入体获取难度较高，需要通过特定方式开发合成，其加成效能更为集中且强大。
植入体开发是获取高阶植入体的主要途径，开发功能位于空间站停机坪上方。开发过程需要消耗低级植入体作为材料，例如使用一个R2级和三个R1级植入体合成更高阶植入体。不同区域的植入体提供差异化加成：顶叶区侧重武器伤害、射程和冷却时间；颞叶区强化护盾抗性和容量；额叶区提升能量上限和节能技术；枕叶区则优化加速与机动性能。建议根据舰船类型和作战需求定向开发对应区域的植入体。
若驾驶以导弹为主武器的新欧罗巴舰船，应优先选择提升导弹伤害的顶叶区植入体；使用晨曦经合体粒子炮舰船时，则需切换为强化粒子炮的配套方案。后勤型角色可配置护盾投射量或能量投射相关的植入体，而指挥干扰类角色更适合推进系统强化的航速加成。
